正式には、王立アトランティス艦隊残存艦隊と呼ぶが、一般的には残党軍とも呼ばれている。
以下の編成は、アトラミス王国救援作戦時のものである。
■第1艦隊
王立アトランティス残存軍司令
第01戦隊・・・【王家直轄近衛艦隊】
第02戦隊・・・【王家直轄近衛艦隊】
第03戦隊・・・【王家直轄近衛艦隊】
※王家直轄近衛艦隊・・・王家が直接指揮する艦隊、アトランティス艦隊とは指揮系統が異なるが必要に応じて皇室の命によりアトランティス艦隊を指揮下に置くこともある。
※第03戦隊・・・親交種族との交流/外交/調査探査を目的とした艦隊で、通常は隠密行動を行う。その為にかなり特殊な艦艇を保有している。
■第2艦隊
アトランティス艦隊司令・・・古代アトランティス帝国の残存艦隊総司令部の略名で、古代から惑星アトランティス(地球名:月)の防衛を担っていた。
現在は残党軍としてアトランティス星系(地球名:太陽系)の防衛に必要な艦隊を細々と維持している。
第01戦隊【首都アトランティス守備艦隊】
第02戦隊【首都アトランティス守備艦隊】
第03戦隊【首都アトランティス守備艦隊】
第04戦隊【首都アトランティス守備艦隊】
※首都アトランティス守備艦隊・・・首都アトランティス防衛を担う艦隊
第05戦隊【ダイダロス防衛艦隊】
第06戦隊【ダイダロス防衛艦隊】
※ダイダロス防衛艦隊・・・副都心ダイダロス防衛を担う艦隊だが、ダイダロスが未完成のため通常他の艦隊に編入されて錬度を維持している事が多い
第07戦隊【アトランティス機動部隊】
第08戦隊【アトランティス機動部隊】
第09戦隊【アトランティス機動部隊】
第10戦隊【アトランティス機動部隊】
※アトランティス機動部隊・・・太陽系のジャンプターゲットである太陽の衛星軌道上に展開する戦略的防衛艦隊
通常はローテーションで3個艦隊が太陽の軌道上を遊弋し、残り1個艦隊は分隊に散開して、金星～海王星をパトロールしている。
第11教導隊【アトランティス教育艦隊】
第12教導隊【アトランティス教育艦隊】
第13教導隊【アトランティス教育艦隊】
※アトランティス教育艦隊は他の星系との軍事交流と情報収集を目的とした艦隊ではあったが、第13教導隊は、
地球艦隊が編成されるそれより15年前、地球人の訓練目的で編成された暫定的な地球艦隊であった。
友好国から払い下げられた旧式の艦で編成されていたが、この艦隊が銀河をゆるがす大事件の引き金となりアトランティスの止まった時間を再び動かすこととなった。
現在はこの第13教導隊は存在せず、第11～12混成旅団がその任を引き継いでいる。
■第3艦隊
地球を防衛する事を主任務とする地球各国が運用する艦隊。
通常は各艦には連絡役としてアトランティス軍将校が常駐している。
日本艦隊は、協定により第7世代試作艦のみで編成されているが、他の各国は第7世代量産型で編成されている。
通常、各国の将校が指揮しているがアトランティス軍に編入された場合はアトランティス軍将校が指揮を補佐する事となっている。
第01戦隊【地球軍:日本空軍宇宙艦隊 所属】守備範囲は太平洋上空/オーストラリア
第02戦隊【地球軍:日本空軍宇宙艦隊 所属】守備範囲はアトランティス大使館の置かれている日本本土上空
第03戦隊【地球軍:日本空軍宇宙艦隊 所属】守備範囲は極東アジア/東南アジア
第04戦隊【地球軍:アメリカ戦略宇宙軍 所属】守備範囲は南北アメリカ大陸
第05戦隊【地球軍:アメリカ戦略宇宙軍 所属】守備範囲は大西洋
第06戦隊【地球軍:アメリカ戦略宇宙軍 所属】守備範囲は分隊に分けて北極と南極の守備を担当
第07戦隊【地球軍:ロシア戦略宇宙空軍 所属】守備範囲ロシア本土/中東方面
第08戦隊【地球軍:イギリス王立宇宙軍 所属】守備範囲ヨーロッパ大陸/アフリカ大陸
第09戦隊【地球軍:NATO宇宙軍 所属】守備範囲ヨーロッパ大陸/アフリカ大陸
第10戦隊【地球軍:NATO宇宙軍 所属】守備範囲ヨーロッパ大陸/アフリカ大陸
※NATO宇宙軍・・・フランス空軍宇宙軍、ドイツ空軍宇宙軍
フランスとドイツが艦隊を保有するが、搭乗する将校はNATO又は世界各国から優秀な人材が集められている。
第11混成旅団【地球人に対する宇宙艦隊育成プログラムに基づいて編成されている教育艦隊】
第12混成旅団【地球人に対する宇宙艦隊育成プログラムに基づいて編成されている教育艦隊】
※混成旅団・・・優秀な人材はここからアトランティス軍に引き抜かれることもある。
■第4艦隊
第01戦隊アトランティス残存軍 【水星遊弋機動部隊】
第02戦隊アトランティス残存軍 【水星遊弋機動部隊】
第03戦隊アトランティス残存軍 【水星遊弋機動部隊】
※水星遊弋機動部隊・・・ジャンプターゲットに近い為、207～208艦隊と連携する事が多く比較的最新の装備が割り当てられている。
■第5艦隊
第01戦隊アトランティス残存軍 【金星遊弋機動部隊】
第02戦隊アトランティス残存軍 【金星遊弋機動部隊】
第03戦隊アトランティス残存軍 【金星遊弋機動部隊】
※金星遊弋機動部隊・・・ジャンプターゲットに近い為、207～208艦隊と連携する事が多く比較的最新の装備が割り当てられている。
■第6艦隊
第01戦隊アトランティス残存軍 【火星遊弋機動部隊】
第02戦隊アトランティス残存軍 【火星遊弋機動部隊】
第03戦隊アトランティス残存軍 【火星遊弋機動部隊】
※火星遊弋機動部隊・・・通常1個艦隊がローテーションにて火星上空の静止軌道で待機し、残りの艦隊は太陽の地軸に対して垂直の軌道を描く形で遊弋する事で全天パトロールを実施している。
■第7艦隊
第01戦隊アトランティス残存軍 【木星遊弋機動部隊】
第02戦隊アトランティス残存軍 【木星遊弋機動部隊】
第03戦隊アトランティス残存軍 【木星遊弋機動部隊】
第04戦隊アトランティス残存軍 【木星遊弋機動部隊】
第05戦隊アトランティス残存軍 【木星遊弋機動部隊】
第06戦隊アトランティス残存軍 【木星遊弋機動部隊】
※木星遊弋機動部隊・・・通常3個艦隊がローテーションにて木星上空の静止軌道で待機し、残りの艦隊は太陽の地軸に対して垂直の軌道を描く形で遊弋する事で全天パトロールを実施している。
太陽についで大きな惑星であるために、ジャンプターゲットのセカンド目標となりやすい為、大規模な艦隊を配置している。
■第8艦隊
第01戦隊アトランティス残存軍 【土星遊弋機動部隊】
第02戦隊アトランティス残存軍 【土星遊弋機動部隊】
第03戦隊アトランティス残存軍 【土星遊弋機動部隊】
第04戦隊アトランティス残存軍 【土星遊弋機動部隊】
※土星遊弋機動部隊・・・通常1個艦隊がローテーションにて土星上空の静止軌道で待機し、残りの艦隊は太陽の地軸に対して垂直の軌道を描く形で遊弋する事で全天パトロールを実施している。
ジャンプポイントの太陽から距離が遠いため、足の速い高速艦を中心に編成されている。
■第9艦隊
第01戦隊アトランティス残存軍 【天王星遊弋機動部隊】
第02戦隊アトランティス残存軍 【天王星遊弋機動部隊】
第03戦隊アトランティス残存軍 【天王星遊弋機動部隊】
第04戦隊アトランティス残存軍 【海王星遊弋機動部隊】
第05戦隊アトランティス残存軍 【海王星遊弋機動部隊】
第06戦隊アトランティス残存軍 【海王星遊弋機動部隊】
※天王星/海王星遊弋機動部隊・・・通常1個艦隊がローテーションにて天王星と海王星のそれぞれの静止軌道で待機し、残りの艦隊は太陽の地軸に対して垂直の軌道を描く形で遊弋する事で全天パトロールを実施している。
ジャンプポイントの太陽から距離が遠いため、足の速い駆逐艦を中心に編成されている。
基本的にこれらの艦隊はパトロールが中心となるため、敵性艦隊と接触しても撃退行動はとらず、威力偵察を行いつつ後退し、本国にデータを送信することが任務となっている。
■混成艦隊・・・複数の艦隊を合同で作戦を遂行するための単位の総称。
■基幹艦隊・・・複数の艦隊が207～210艦隊に編入された単位の総称。
■連合艦隊・・・王家直轄の101～102艦隊の作戦行動において、アトランティス艦隊隷下、又は地球軍の艦隊がその作戦に編入編成された単位の総称。
